Sí, podés gestionar las dos desde una única cuenta de Desky sin necesidad de crear cuentas separadas.
Si las dos entidades tienen CUITs distintos y necesitás facturación separada, podés pagar al final del mes mediante transferencia bancaria — una transferencia por cada CUIT. Así cada entidad mantiene su trazabilidad contable sin complicaciones.
Si querés que te ayudemos a configurar esto para tu caso puntual, escribinos por soporte y lo armamos juntos.